今まではPreferences→Downloads→Componentsから行っていたcommand line toolsのインストールですが、Xcode5から（もしくはMavericksから？）はその場所に見当たらなくなっていました。

代わりにターミナルでxcode-selectというコマンドを叩くとインストールが済んでいない場合には確認メッセージが出てインストールできるようになります。

$ xcode-select --install
xcode-select: note: install requested for command line developer tools

だいぶはまったのでメモしておきます。