Highchartsで描画したチャートの値はあとからjavascriptで更新できます。

デモをちょっと改変してサンプルを作ってみました↓

Highcharts Demo - JSFiddle
Test your JavaScript, CSS, HTML or CoffeeScript online with JSFiddle code editor.
options = {} // 略
var chart = Highcharts.chart('container', options);

function onClick() {
  chart.series[0].data[0].update({y: 80000});
  chart.series[1].data[0].update({y: 60000});
  chart.series[2].data[0].update({y: 40000});
  chart.series[3].data[0].update({y: 100000});
  chart.series[3].data[1].update({y: 100000});
  chart.series[4].data[0].update({y: 1000});
}

んで、ボタンを押したらonClickが呼ばれるようにしておきました。雑だけど、まあ。

onClickではhighchartsのインスタンスのseries以下のデータに対してupdateを呼び出します。すると値が更新されて、アニメーション付で再描画されます。アニメーションがあるのが気持ち良い感じ。

JSFiddleから試してみてください。ちなみにchartのインスタンスはjQueryで$('#container').highcharts()とかやっても取得できます。

update関数の詳細はドキュメントで確認できます。