brew upgradeしたあとあたりから、Rails起動時にタイトルの警告が出はじめて気持ち悪いので対応します。

Nokogiriビルド時とはlibxmlのバージョンが食い違っているよ、と出ているのでbrew upgrade時に勝手にlibxmlのバージョンがあがったのでしょう。

対応方法とはしては（おそらく）2通りあって、

• libxmlのバージョンを下げる
• Nokogiriを入れ直す

のどちらかだと思われます。

せっかくバージョンがあがったlibxmlを下げるのはもったいないのでNokogiri入れ直しで対応します。

今回のケースではNokogiriに新しいバージョンがあることがわかったので、単にbundle updateで対応しました。

% bundle update nokogiri
...
Using nokogiri 1.8.4 (was 1.8.3)
...

これで警告がなくなりましたー。